Für das Flusslicht 2009 ist im Nachfolgenden beschriebene neue Route geplant:

Starten werden die Schiffe am Anleger Baumwall, von wo der Prototyp eines modernen Hausbootes vom Architekturbüro Förster-Trabitsch zu sehen ist. Die Fahrt führt weiter durch den Traditionsschiffhafen/Sandtorhafen. Hier sind Geschäfts- und moderne Wohnbauten zu bestaunen. Weitere Stationen in der Hafencity sind die Baustelle der Elbphilharmonie, das Unilever-Gebäude und die Baustelle der HCU (HafenCity Universität). Nächstes Ziel sind nach der Fahrt unter den horizontprägenden Freihafenelbbrücken am Reedehafen die Entenwerderterrassen mit der neubelebten Pontonanlage, auf der bereits der Pavillon des Hamburger Architektursommers 2007 steht. Der Rothenburgsorter Wasserturm ist von hier aus sehr gut zu sehen. Die Barkassen wenden hier und fahren zurück am Kirchenpauerkai und den Forschungsschiffen entlang.

Künstlerinnen und Künstler sowie weitere Teilnehmerteams werden aufgefordert Orte zu finden, zu interpretieren und sich Nachtansichten zu überlegen. Künstlerische Installationen werden in Abständen den Fahrtweg säumen. Um das Veddelhöft herum geht es in den Moldauhafen, entlang des Prager Ufers. Hier befinden sich noch alte Strukturen, Anleger, Schiffe und Gebäude, die als Folge von Reparationszahlungen zum Teil bis 2026 im Besitz der Tschechischen Republik sind. An den Lagerhäusern E-G kann ein Stück Hafengeschichte abgelesen werden. Am Veddeler Waserkreuz, wo vier Hafenbecken aufeinandertreffen erzählt der Hafen mit seinen stählernen Brücken, die gegenwärtig alle modernisiert, bzw. zum Teil auch ausgetauscht werden, seine eigene Industriegeschichte. Über den Spreehafen führt die Flusslicht-Tour durch den Veddeler Kanal zum "Ellerholz-Teller" - einem runden Wasserplatz vor dem "Argentinienknoten". Weitere Stationen im Reiherstieg sind die Anlegestation Fährstieg, die das nördliche Reiherstiegviertel erschließen wird, die Neuhöfer Klappbrücke, die Reetehub-Brücke und die Reihe der GTH-Speicher mit Mälzereisilo. Anschließend geht es zurück zu HafenCity und Baumwall, mit Blick auf die imposante Hamburger Hafenkante und die vielgerühmte Stadtsilhouette mit der neuen Stadtkrone.